内容正文

半小时完成检测,还可检变异病毒!新冠病毒AI诊断平台上线

日期:2020-02-02 15:41 作者:admin 点击数:

浙江的全基因组检测分析平台由浙江省疾病预防控制中心、阿里达摩院医疗AI团队和杰毅生物技术公司共同研发。该平台采用全基因组检测技术,对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列分析比对,它不同于核酸检测方法,能够有效防止病毒变异产生的漏检,并将原需数小时的全基因分析流程减少到半小时,大幅提高疑似病例的确诊速度和准确率。

目前,医院普遍采用核酸检测方法,其只能检测到病毒基因的局部。由于病毒存在变异的可能性,对于整个基因序列来说这种检测方法犹如盲人摸象,一旦病毒发生变异,就可能出现漏检的情况。

据新华社报道,1月28日,圣湘生物科技股份有限公司新型冠状病毒核酸检测试剂盒通过国家药品监督管理局审批,已在医院系统启用。该产品由我国体外检测诊断领域专家戴立忠领衔的应急技术攻关小组研发,采用“RNA一步法”技术。搭配圣湘生物自主研发的全自动核酸提取仪、移动分子诊断平台,能实现1人1机1日检测样本量达1000人份以上的高通量检测,最快可在30分钟出检测结果,实现现场即时检测。(本文来自澎湃新闻,更多原创资讯请下载“澎湃新闻”APP)

2月1日,浙江省疾控中心上线自动化的全基因组检测分析平台。利用阿里达摩院研发的AI算法,可将原来数小时的疑似病例基因分析缩短至半小时,大幅缩短确诊时间,并能精准检测出病毒的变异情况。

据上游新闻·重庆晨报报道,1月29日,由重庆大学牵头承担的项目“研制2019-nCov快速检测试剂盒”,已成功研制出样品并在医院开展临床验证。该项目研制的核酸提取试剂最快可实现9分钟32人份批量提取,检测时间缩短至1小时以内,且操作简单。其配套的全自动核酸提取系统,单次可提取96人份样本,每台设备12小时可完成1000人份以上的检测需求,只需要1名操作人员即可完成。

目前,通过核酸检测方法,新型冠状病毒的检测时间也已经大大缩短。

据阿里方面披露,此次研发的自动化全基因组检测分析平台属于高通量测序。杰毅生物开发了全自动高通量测序建库仪,把整体常规人工需要12小时的工作缩短到2个小时。每次测序过程会产生海量的数据,达摩院采用分布式设计的分析算法,病毒检测的整体速度由数小时缩短到半小时;同时,由于采用分布式算法,病毒拼接的速度由30分钟至1小时缩短到15至30分钟。

当前,全国新型冠状病毒肺炎疫情依然严峻,快速、精确诊断对于疫情控制尤其重要。公开信息显示,该病毒是基因组序列最长的病毒之一,全基因组序列全长29847bp,临床诊断需要将患者样本与该病毒基因序列进行比对才能确定诊断结果。

达摩院还针对新冠病毒基因的特征进行了分析,基于pdb等公共数据集的数据进行算法的优化训练。本次分析病毒检测和病毒变异部分主要基于开源算法,设计分布式算法以加速分析流程。病毒序列拼接完成后,通过设计BiLSTM DNN的方式训练模型预测病毒蛋白二级结构。同时,达摩院还在研究基于序列的蛋白质三维结构预测模型以及药物筛选模型。

设置基因检测分析参数

可见的是,随着科研的深入,越来越多的新冠病毒检测产品的检测速度都明显提高。

疫情发生后,达摩院算法专家顾斐博士立即奔赴浙江省疾控中心,第一时间针对新型冠状病毒基因进行特征分析,并推出多个算法模型。在序列比对过程中,达摩院对算法增加了分布式设计,有效提升比对效率;在病毒序列拼接阶段使用分布式设计的de Bruijn图算法,变异病毒也能精准检测。

阿里方面表示:“检测变异病毒就需要拼接出一个病毒的完整基因组,我们可以百分之百检测到变异病毒。目前无变异病毒案例。”

1月31日,中国疾病预防控制中心网站发布,中国疾病预防中心病毒病预防控制所成功研制新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸等温扩增快速检测试剂盒,可在8-15分钟内出结果,极大缩短检测时间,配套等温扩增仪器可自动判读结果。本试剂盒通过病毒病所新型冠状病毒盲样考核标本盘验证,和商业化的荧光定量PCR试剂盒比较,成本价格较低、灵敏度和特异性均为100%。这为疑似新型冠状病毒感染者筛查,早发现、早隔离,及时阻断病毒的传播提供了更便利的技术支持,具有在基层检验机构推广应用的价值。

新型冠状病毒结构图

针对新型冠状病毒的AI诊断技术,将在浙江大规模应用。

达摩院算法专家顾斐博士

友情链接

Powered by 五星体育天天直播 @2018 RSS地图 html地图

Powered by 手机购彩平台 @2020 RSS地图 html地图

搜索引擎导航: 搜狗搜索 百度搜索 淘宝购物 神马搜索